新巴比伦帝国洗劫了耶路撒冷并摧毁了第一圣殿。
耶路撒冷围城战（约公元前 589587 年）是犹大人反巴比伦的最后一场起义，其中新巴比伦帝国的国王尼布甲尼撒二世围攻犹大王国的首都耶路撒冷。耶路撒冷在围困 30 个月后陷落，随后巴比伦人摧毁了这座城市并摧毁了第一圣殿。犹大王国解体，许多居民被流放到巴比伦。
公元前 7 世纪后期，犹大成为巴比伦的附庸国。公元前 601 年，犹大王约雅敬起义反对巴比伦的统治。尽管先知耶利米强烈抗议。约雅敬死因不明，其子耶哥尼雅继位。公元前 597 年，巴比伦人围攻耶路撒冷，该城投降。尼布甲尼撒掠夺耶路撒冷，将耶哥尼雅和其他显赫公民驱逐到巴比伦；耶哥尼雅的叔叔西底家被立为王。后来，在埃及人的鼓励下，西底家发动了第二次叛乱，巴比伦军队被派去重新夺回耶路撒冷。公元前 587 年 8 月 25 日或公元前 586 年 7 月 18 日，巴比伦人占领了耶路撒冷，摧毁了第一圣殿并烧毁了下城。西底家企图逃跑，但在耶利哥附近被抓获。在利布拉，他被迫眼睁睁地看着儿子们死去，之后，他的眼睛被剜了出来。耶路撒冷及其圣殿的毁灭导致了宗教、精神和政治危机，这在预言文学和圣经传统中留下了印记。犹大王国被废除并吞并为巴比伦省，其中心位于米斯巴。包括大卫王朝在内的犹太精英被流放到巴比伦。公元前 539 年巴比伦沦陷于波斯阿契美尼德帝国的创始人居鲁士大帝手中后，他允许流亡的犹大人返回锡安并重建耶路撒冷。第二圣殿于公元前 516 年竣工。
新巴比伦帝国，也被称为第二巴比伦帝国，历史上被称为迦勒底帝国，是美索不达米亚帝国中最后一个由原产于美索不达米亚的君主统治的帝国。从公元前 626 年纳波波拉萨加冕为巴比伦国王开始，到公元前 612 年新亚述帝国的灭亡，新巴比伦帝国及其统治的迦勒底王朝是短暂的，不到一个世纪就被征服了。公元前539年波斯阿契美尼德帝国。
亚述人的战败和帝国向巴比伦的转移标志着这座城市以及整个美索不达米亚南部自近一千年前汉谟拉比的旧巴比伦帝国崩溃以来首次崛起并主宰古代近东。因此，新巴比伦统治时期见证了整个巴比伦前所未有的经济和人口增长以及文化和艺术品的复兴，新巴比伦国王进行了大规模的建筑项目，特别是在巴比伦本身，并带回了之前 2,000 或如此多年的苏美尔-阿卡德文化。
帝国在现代文化记忆中的地位主要是由于圣经中巴比伦及其最伟大的国王尼布甲尼撒二世的不讨喜的描绘，这要归功于尼布甲尼撒在公元前 587 年摧毁耶路撒冷以及随后的巴比伦囚禁。巴比伦的资料将尼布甲尼撒的统治描述为一个黄金时代，它将巴比伦变成了当时最伟大的帝国。
新巴比伦帝国的最后一位国王纳波尼杜斯（Nabonidus）推行的宗教政策，偏爱月神辛（Sîn）而不是巴比伦的守护神马尔杜克（Marduk），最终为阿契美尼德国王居鲁士大帝（Cyrus the Great）在公元前 539 年入侵巴比伦提供了一个宣战理由，将自己描绘成一个马杜克的冠军神力恢复了该地区的秩序。几个世纪以来，巴比伦在文化上一直保持着独特的风格，提到了具有巴比伦名字的人，并提到了早在公元前 1 世纪的帕提亚时期就为人所知的巴比伦宗教。虽然巴比伦在后来的帝国统治期间多次起义，但从未成功恢复独立。