四天爆炸的第一天开始于菲律宾南部的棉兰老岛群。

棉兰老岛爆炸案是一系列看似无关的炸弹袭击，分别于 2009 年 7 月 4 日、5 日和 7 日在菲律宾棉兰老岛的 Datu Piang 和 Jolo 镇以及 Cotabato 和 Iligan 市发生。爆炸造成约 7 人死亡，至少 66 人受伤。菲律宾武装部队指责活跃在棉兰老岛的几个激进组织，如摩洛伊斯兰解放阵线 (MILF)、阿布沙耶夫和伊斯兰祈祷团。

罗马天主教会及其领袖教皇本笃十六世谴责了最初的袭击。摩洛伊斯兰解放阵线的一份声明称，这次袭击是由“无情的人”进行的，并呼吁进行独立调查以确定谁应对此负责。他们还说，“南方没有宗教冲突”，“我们正在为我们的自决权而战”。格洛丽亚·马卡帕加尔·阿罗约总统的新闻秘书表示相信，爆炸不会破坏政府与摩洛伊斯兰解放阵线之间的和平谈判。

几名反对派成员表示，这些袭击可能与政府可能将该国置于紧急状态的计划有关，暗指前总统费迪南德·马科斯（Ferdinand Marcos）领导下的戒严时期。其他人则表示，他们可能正准备在阿罗约发表国情咨文期间加强安全，这可能会限制示威和抗议。政府拒绝了这些说法，并表示他们正在评估情况。政府所在地马尼拉大都会和该国其他地区，特别是棉兰老岛，加强了安全措施。事件发生一天后，联合国开发计划署同时宣布暂停其在南部的难民业务。