菲利普二世承认菲律宾当地贵族和酋长的权利和特权，这为 Principalía（西班牙菲律宾本土贵族的精英统治阶级）统治的稳定铺平了道路。
菲利普二世（1527 年 5 月 21 日 - 1598 年 9 月 13 日），也被称为“谨慎的菲利普”（西班牙语：Felipe el Prudente），自 1556 年起担任西班牙国王，1580 年起担任葡萄牙国王，1554 年起担任那不勒斯和西西里国王直至去世1598 年。从 1554 年与玛丽一世结婚到 1558 年她去世，他还是英格兰和爱尔兰的法定国王。从 1540 年起，他还是米兰公爵。从 1555 年起，他成为荷兰十七省的领主.
作为皇帝查理五世和葡萄牙伊莎贝拉的儿子，菲利普于 1556 年继承了他父亲的西班牙帝国，并在王朝危机后于 1580 年继承了葡萄牙王位。西班牙征服印加帝国和菲律宾，由鲁伊·洛佩斯·德·维拉洛沃斯以他的名字命名，在他的统治期间完成。在菲利普二世统治下，西班牙达到了其影响力和权力的顶峰，有时被称为西班牙黄金时代，并统治了当时欧洲人所知的每个大陆的领土。菲利普领导了一个高度债务杠杆的政权，在 1557 年、1560 年、1569 年、1575 年和 1596 年出现了国家违约。这项政策是 1581 年创建荷兰共和国的宣布独立的部分原因。菲利普完成了皇家宫殿 El 1584年的埃斯科里亚尔。
菲利普非常虔诚，将自己视为反对奥斯曼帝国和新教改革的天主教欧洲的捍卫者。 1584 年，菲利普签署了《若因维尔条约》，资助法国天主教联盟在接下来的十年内对抗法国胡格诺派的内战。 1588 年，他派出一支无敌舰队入侵英格兰新教，其战略目标是推翻伊丽莎白一世并在那里重建天主教，但他的舰队在格雷夫林斯（法国北部）的一场小规模冲突中被击败，随后在环绕英国时被风暴摧毁。不列颠群岛返回西班牙。第二年，在英国无敌舰队入侵西班牙失败后，菲利普的海军力量得以恢复。 1596 年和 1597 年，又有两支西班牙无敌舰队试图入侵英格兰，但未能成功。英西战争一直持续到 1604 年，也就是菲利普去世六年后。在菲利普的领导下，平均每年从西班牙招募约 9,000 名士兵，人数上升至在危机年有 20,000 人。 1567 年至 1574 年间，有近 43,000 名男子离开西班牙前往意大利和低地国家（现代比利时、卢森堡和荷兰）作战。1563 年，威尼斯大使保罗·法戈洛（Paolo Fagolo）将菲利普描述为“身材矮小，身材圆润——面容，淡蓝色的眼睛，有点突出的嘴唇，粉红色的皮肤，但他的整体容貌非常迷人……他穿着非常有品味，他所做的一切都彬彬有礼。”菲利普结过四次婚；他所有的妻子都早于他。