以前由支持独立的活动家使用的爱沙尼亚国旗被正式采用为爱沙尼亚共和国的国旗。
爱沙尼亚国旗（爱沙尼亚语：Eesti riigilipp）是三色旗，具有蓝色（顶部）、黑色和白色三个相等的水平条纹。正常尺寸为 105 x 165 厘米（41 英寸 × 65 英寸）。在爱沙尼亚语中，它通俗地称为“sinimustvalge”（lit. '“blue-black-white”'），以乐队的颜色命名。
1918 年该国获得独立时，三色旗已被广泛用作爱沙尼亚和爱沙尼亚人的象征。正式于 1922 年 7 月 16 日获得正式国旗的地位。直到 1940 年 6 月，三色旗一直被用作国旗。苏联入侵并占领了爱沙尼亚。 1940年8月苏联吞并爱沙尼亚后，使用民族三色及其蓝、黑、白三色组合在苏联被禁止并受到法律制裁。国旗从 1940 年到 1991 年一直被爱沙尼亚流亡政府、外交部门和世界各地的爱沙尼亚侨民使用。
1988年10月，爱沙尼亚当局再次正式允许使用蓝黑白旗。 1989 年 2 月 23 日晚上，苏联国旗从 Toompea 城堡的 Pikk Hermann 塔上永久取下。第二天早上，即 2 月 24 日，在爱沙尼亚独立宣言（1918 年）发表 70 周年之际，它被国家蓝黑白色国旗取代。爱沙尼亚政府于 1990 年 8 月 7 日正式重新采用国旗，比该国全面恢复独立早一年。