荷兰殖民者和各种奴隶团体开始在巴达维亚屠杀华人，最终造成 10,000 人死亡，并在整个爪哇引发了长达两年的战争。
1740 年巴达维亚大屠杀（荷兰语：Chinezenmoord，字面意思是“中国人的谋杀案”；法语：Meurtre des Chinois，字面意思是“中国人的谋杀案”；印度尼西亚语：Geger Pacinan，字面意思是“唐人街骚乱”）是一场大屠杀和大屠杀其中，荷兰东印度公司的欧洲士兵和爪哇合作者杀害了荷属东印度群岛港口城市巴达维亚（今雅加达）的华裔居民。这座城市的暴力从 1740 年 10 月 9 日持续到 10 月 22 日，城墙外的小规模冲突一直持续到当年 11 月下旬。历史学家估计，至少有 10,000 名华裔被屠杀；据信只有600到3,000人幸存下来。
1740 年 9 月，在政府镇压和糖价下跌的刺激下，随着中国民众的骚乱加剧，总督阿德里安·瓦尔克尼耶宣布任何起义都将遭到致命的打击。 10 月 7 日，数百名华人（其中许多是糖厂工人）杀害了 50 名荷兰士兵，导致荷兰军队没收了中国民众的所有武器，并对华人实行宵禁。两天后，关于中国暴行的谣言导致其他巴达维亚族群焚烧勿刹河沿岸的华人房屋，荷兰士兵向华人家庭发射大炮以示报复。暴力很快蔓延到整个巴达维亚，冷血地杀死了更多的中国人。尽管瓦尔克尼尔在 10 月 11 日宣布大赦，但非正规团伙继续追捕和杀害中国人，直到 10 月 22 日，总督更加有力地呼吁停止敌对行动和仇恨。在城墙外，荷兰军队和暴动的糖厂工人之间的冲突仍在继续。经过数周的小规模冲突后，荷兰领导的军队袭击了该地区糖厂的中国据点。
次年，整个爪哇对华人的袭击引发了为期两年的爪哇战争，这场战争使华人和爪哇人的军队与荷兰军队发生了冲突。 Valckenier 后来被召回荷兰，并被指控犯有与大屠杀有关的罪行。大屠杀在荷兰文学中占有重要地位，也被引用为雅加达几个地区名称的可能词源。
荷属东印度群岛（或荷属东印度群岛；荷兰语：Nederlands(ch)-Indië；印度尼西亚语：Hindia Belanda）是由现在的印度尼西亚组成的荷兰殖民地。它由荷兰东印度公司的国有化贸易站组成，该公司于 1800 年由荷兰政府管理。
在 19 世纪，荷兰的属地和霸权扩张，在 20 世纪初达到了最大的领土范围。荷属东印度群岛是欧洲统治下最有价值的殖民地之一，并为荷兰在 19 世纪至 20 世纪初在香料和经济作物贸易方面的全球地位做出了贡献。殖民社会秩序建立在严格的种族和社会结构之上，荷兰精英与他们的本土臣民分开生活，但又与他们联系在一起。印度尼西亚一词在 1880 年以后开始使用该地理位置。在 20 世纪初，当地知识分子开始发展印度尼西亚作为一个民族国家的概念，并为独立运动奠定了基础。日本的二战占领摧毁了大部分荷兰殖民国家和经济。 1945 年 8 月日本投降后，印度尼西亚民族主义者宣布独立，他们在随后的印度尼西亚国民革命中为争取独立而奋斗。荷兰在 1949 年的荷兰-印度尼西亚圆桌会议上正式承认了印度尼西亚的主权，但荷兰新几内亚（西新几内亚）除外，后者在 14 年后的 1963 年根据《纽约协定》的规定被割让给印度尼西亚。