经过三年的流放，约翰加尔文回到日内瓦，在被称为加尔文主义的教义体系下改革教会。

约翰·卡尔文（；中古法语：Jean Cauvin；

法语：Jean Calvin [ʒɑ̃ kalvɛ̃]； 1509 年 7 月 10 日 - 1564 年 5 月 27 日）是新教改革期间在日内瓦的法国神学家、牧师和改革者。他是后来被称为加尔文主义的基督教神学体系发展的主要人物，包括其关于预定论和上帝在拯救人类灵魂免于死亡和永恒诅咒方面的绝对主权的教义。加尔文主义的教义受到奥古斯丁和其他基督教传统的影响和阐述。各种公理会、归正会和长老会教会都将加尔文视为其信仰的主要阐释者，它们已遍布世界各地。

加尔文是一位不知疲倦的辩论家和道歉的作家，他引起了很多争议。他还与包括 Philipp Melanchthon 和 Heinrich Bullinger 在内的许多改革者交换了亲切和支持的信件。除了他开创性的基督教宗教研究所之外，加尔文还为大多数圣经书籍、忏悔文件和其他各种神学论文撰写评论。

卡尔文最初是一名人文主义律师。 1530 年左右，他脱离了罗马天主教会。在法国爆发了针对新教基督徒的广泛致命暴力事件，导致宗教紧张局势爆发后，加尔文逃到了瑞士巴塞尔，并于 1536 年在那里出版了《学院》的第一版。同年，法国人威廉·法雷尔（William Farel）招募加尔文加入日内瓦的宗教改革运动，他每周定期在那里布道。然而，该市的管理委员会拒绝实施他们的想法，两人都被开除。应 Martin Bucer 的邀请，加尔文前往斯特拉斯堡，在那里他成为法国难民教会的牧师。他继续支持日内瓦的改革运动，并于 1541 年应邀返回领导该市的教会。

加尔文回来后，尽管遭到城里几个试图遏制他权威的强大家庭的反对，但他还是引入了新形式的教会管理和礼仪。在此期间，被罗马天主教徒和新教徒视为对三位一体持有异端观点的西班牙人迈克尔·塞尔维图斯（Michael Servetus）抵达日内瓦。他受到加尔文的谴责，并被市议会以异端罪名烧死在火刑柱上。随着支持难民的涌入和市议会的新选举，卡尔文的反对者被迫退出。加尔文晚年在日内瓦和整个欧洲推动宗教改革。