在培根叛乱期间，詹姆斯敦被纳撒尼尔培根的军队烧毁。
培根叛乱是 1676 年至 1677 年间由弗吉尼亚定居者举行的武装叛乱。在伯克利拒绝培根将美洲原住民赶出弗吉尼亚的要求后，纳撒尼尔·培根领导了反对殖民地总督威廉·伯克利的叛乱。来自各个阶层（包括契约奴役者）和种族的数千名弗吉尼亚人站起来反对伯克利，从詹姆斯敦追赶他，最终烧毁了定居点。叛乱首先被来自伦敦的几艘武装商船镇压，这些商船的船长站在伯克利和效忠者一边。政府军很快抵达，并用了数年时间击败了部分抵抗力量，并将殖民政府重新置于王室的直接控制之下。培根的叛乱是北美殖民地第一次有不满的边民参与的叛乱（在马里兰州涉及约翰·库德和乔西亚斯·芬达尔的事件发生在不久之后）。欧洲契约仆人和非洲人（契约、奴隶和自由黑人的混合体）之间的联盟扰乱了殖民上层阶级。他们的回应是强化奴隶制的种族种姓，试图通过 1705 年的弗吉尼亚奴隶法典将这两个种族与随后的联合起义分开。虽然叛乱没有成功地将印第安人赶出弗吉尼亚的最初目标，它确实导致伯克利被召回英格兰。
弗吉尼亚殖民地的詹姆斯敦定居点是美洲第一个永久的英国定居点。它位于詹姆斯（波瓦坦）河的东北岸，距现代威廉斯堡中心西南约 4 公里（2.5 英里）。它由伦敦弗吉尼亚公司于 1607 年 5 月 4 日作为“詹姆斯堡”建立。 （北卡罗来纳州 1607 年 5 月 14 日），并在 1610 年短暂放弃后被认为是永久性的。它经历了几次失败的尝试，包括 1585 年在北卡罗来纳州后期的罗阿诺克岛上建立的罗阿诺克失落殖民地。詹姆斯敦从 1616 年到 1699 年担任殖民首都。
尽管派遣了更多的定居者和补给品，包括 1608 年八名波兰和德国殖民者以及前两名欧洲妇女的到来，但超过 80% 的殖民者在 1609-10 年间死于饥饿和疾病。 1610 年中期，幸存者们放弃了詹姆斯敦，但他们在与詹姆斯河的补给车队相遇后返回。
1619 年 8 月，有记录的第一批从非洲到英属北美的奴隶乘坐一艘悬挂荷兰国旗的英国私掠船抵达詹姆斯敦殖民地附近的现在的旧点康福特 (Old Point Comfort)。来自今天安哥拉的大约 20 名非洲人已被英国船员从葡萄牙奴隶船 São João Bautista 上带走。他们很可能在基于种族的契约奴役制度下作为奴隶在烟草田工作。其中之一包括被威廉·皮尔斯收购的安吉拉。殖民地美国的现代奴隶制概念于 1640 年正式确立（约翰·潘奇听证会），并于 1660 年在弗吉尼亚州完全根深蒂固。伦敦公司在百慕大的第二个定居点声称是英国新世界最古老城镇的所在地，作为百慕大的圣乔治，于 1612 年正式成立为新伦敦，而弗吉尼亚的詹姆斯堡直到 1619 年才改建为詹姆斯汤，并且进一步没有生存到今天。1676 年，詹姆斯敦在培根期间被故意烧毁叛乱，虽然它很快被重建。 1699 年，殖民首都迁至今天的弗吉尼亚州威廉斯堡。詹姆斯敦不再作为定居点存在，今天仅作为考古遗址，詹姆斯敦重新发现。
今天，詹姆斯敦是组成弗吉尼亚殖民地历史三角的三个地点之一，与威廉斯堡和约克镇一起，拥有两个主要遗产地。 Historic Jamestowne 是詹姆斯敦岛上的考古遗址，是詹姆斯敦国家历史遗址（殖民地国家历史公园的一部分）和弗吉尼亚保护区的合作成果。詹姆斯敦定居点是一个活生生的历史解释网站，由弗吉尼亚联邦的一个州机构詹姆斯敦约克敦基金会运营。