科隆战争（德语：Kölner Krieg, Kölnischer Krieg；也称为“Truchsessischer Krieg”；1583-88 年）是新教和天主教派别之间的冲突，它摧毁了神圣罗马帝国历史上的教会公国科隆选帝侯国，在目前-德国北莱茵-威斯特法伦州的一天。战争发生在德国新教改革和随后的反改革的背景下，与荷兰起义和法国宗教战争同时发生。

这场冲突也被称为总管战争 (Truchsessischer Krieg) 或总管剧变 (Truchsessischer Wirren)，偶尔也称为下水道战争，这场冲突考验了已被纳入奥格斯堡宗教和平 (1555) 的教会保留原则。该原则将神圣罗马帝国的教会领土排除或“保留”，不适用 cuius regio、eius religio 或“其统治，他的宗教”作为确定领土宗教的主要手段。相反，它规定，如果一个教会王子皈依新教，他将辞去职务，而不是强迫他的臣民皈依。

1582 年 12 月，科隆选侯格布哈德·特鲁赫塞斯·冯·瓦尔德堡 (Gebhard Truchsess von Waldburg) 皈依了新教。教会保留原则要求他辞职。相反，他宣布他的臣民在宗教上平等，并于 1583 年与 Agnes von Mansfeld-Eisleben 结婚，打算将教会公国转变为世俗的王朝公国。大教堂分会的一个派系选举了另一位大主教，巴伐利亚的恩斯特。

最初，相互竞争的科隆大主教的军队争夺对部分领土的控制权。一些对选帝侯负有封建义务的领地的男爵和伯爵也在附近的荷兰省份拥有领地；威斯特伐利亚、列日和南部或西班牙荷兰。分封和王朝附庸的复杂性将一场局部的不和放大为一种包括来自普法尔茨选帝侯和荷兰、苏格兰和英国雇佣军的新教雇佣军以及巴伐利亚和教皇雇佣军的天主教雇佣军的支持者。冲突恰逢 1568-1648 年的荷兰起义，鼓励了反叛的荷兰省份和西班牙人的参与。 1586 年，冲突进一步扩大，西​​班牙军队和意大利雇佣军直接介入天主教一方，法国亨利三世和英国伊丽莎白一世在新教一方提供财政和外交支持。

战争以天主教大主教恩斯特的胜利而告终，他将新教大主教格布哈德驱逐出选帝侯。这一结果巩固了德国西北部维特尔斯巴赫的权威，并鼓励了莱茵河下游各州的天主教复兴。更广泛地说，这场冲突为外国干预德国宗教和王朝事务开创了先例，在三十年战争（1618-48 年）期间被广泛遵循。