总统选举于 2004 年 7 月 5 日在印度尼西亚举行，第二轮于 9 月 20 日举行。这是该国第一次直接总统选举；在 2002 年印度尼西亚宪法修正案之前，总统和副总统由人民协商会议（MPR）选举产生。

Under the new amendment, a candidate pair is elected into office after receiving more than 50% of the vote nationally with at least 2% of the vote in more than half of the provinces of Indonesia.如果没有一对获得所需票数，则选举将持续到第二轮，其中获得最高和第二高票数的对。大选委员会 (KPU) 制定的进一步规定规定，每一对必须由获得至少 5% 普选票或 3% 人民代表委员会 (DPR) 席位的政党或政党联盟提名在四月的立法选举中。

现任总统梅加瓦蒂·苏加诺普特里于 2001 年在立法机关弹劾并罢免她的前任总统阿卜杜拉赫曼·瓦希德（通常被称为“古斯·杜尔”）下台后宣誓就职。 Megawati 的连任竞选受到四名候选人的挑战，其中包括现任副总统 Hamzah Haz。在第一轮中，前内阁成员和退役将军苏西洛·班邦·尤多约诺收到了多张提交的有效选票，其次是梅加瓦蒂。 Yudhoyono最终在第二轮以60.62%的有效选票击败了梅加瓦蒂。 2004 年 10 月 20 日，他就任印度尼西亚第六任总统。