在西班牙殖民美洲期间的一场旷日持久的冲突中，西班牙殖民者逐渐将成为现代危地马拉国家的领土纳入新西班牙的殖民总督辖区。在征服之前，这片领土包含了许多相互竞争的中美洲王国，其中大部分是玛雅人。许多征服者将玛雅人视为“异教徒”，需要强制皈依和安抚，无视他们文明的成就。玛雅人和欧洲探险家之间的第一次接触发生在 16 世纪初，当时一艘从巴拿马航行到圣多明各的西班牙船于 1511 年在尤卡顿半岛东海岸失事。1517 年和 1519 年，西班牙进行了几次探险，登陆尤卡恩海岸的各个部分。西班牙征服玛雅人是一件旷日持久的事情。玛雅王国顽强地拒绝融入西班牙帝国，以至于他们的失败花了将近两个世纪的时间。佩德罗·德·阿尔瓦拉多（Pedro de Alvarado）于 1524 年初从新征服的墨西哥抵达危地马拉，指挥西班牙征服者和本土盟友的混合部队，主要来自特拉斯卡拉和乔鲁拉。由于这些墨西哥盟友的影响，危地马拉的地理特征现在带有纳瓦特尔地名，他们翻译成西班牙语。 Kaqchikel 玛雅人最初与西班牙人结盟，但很快就反抗过度的进贡要求，直到 1530 年才最终投降。与此同时，其他主要的高地玛雅王国相继被西班牙人和来自墨西哥的盟军战士击败，已经征服了危地马拉的玛雅王国。 1525 年 Hernn Corts 首次接触伊察玛雅人和佩滕盆地的其他低地群体，但直到 1697 年，由 Martn de Ursa y Arizmendi 领导的西班牙齐心进攻最终击败了最后一个独立的玛雅人，他们一直保持独立并对入侵的西班牙人怀有敌意王国。

西班牙人和当地人的战术和技术差别很大。西班牙人将俘虏视为彻底胜利的障碍，而玛雅人则优先考虑俘虏活俘和战利品。危地马拉的土著人民缺乏旧世界技术的关键要素，例如实用的轮子、马、铁、钢和火药；他们也极易感染旧世界疾病，对这些疾病没有抵抗力。与大规模战争相比，玛雅人更喜欢突袭和伏击，他们使用长矛、箭矢和嵌有黑曜石刀片的木剑；南部沿海平原的新察人在他们的箭上使用了毒药。为了应对西班牙骑兵的使用，高地玛雅人开始挖掘坑并用木桩衬砌它们。

Nojpetén（也拼写为 Noh Petén，也称为 Tayasal）是伊察玛雅王国 Petén Itzá 的首都。它位于危地马拉北部佩滕现代省佩滕伊察湖的一个岛上。该岛现在被现代小镇弗洛雷斯（Petén）的首府所占据，并且自前哥伦布时代以来一直不间断地占领。 Nojpetén 在岛上的低地建造了防御墙，这可能是伊察人在他们感到受到入侵的西班牙人或其他玛雅团体的威胁时仓促建造的。