1999 年 3 月 27 日，在北约轰炸南斯拉夫期间，一个南斯拉夫军队（第 250 防空导弹旅第 3 营，由佐尔滕·丹尼上校领导）击落了一架美国的 F-117 夜鹰隐形飞机美国空军发射了一枚 S-125 Neva/Pechora 地对空导弹。飞行员安全弹射，被美国空军 PJ 进行搜救救出。F-117 于 1983 年在美国空军服役，是尖端设备，也是第一款采用隐身技术设计的作战飞机;相比之下，南斯拉夫的防空系统被认为相对过时。 2020 年，一名 F-117A 飞行员在接受采访时还提醒所有人 F-117A “低可观察性，而不是隐形”，他说他的僚机 F-在 3 月 27 日事件发生后一段时间，117A 被南斯拉夫地对空导弹损坏，但它设法返回基地。一些报道表明，这第二起事件也是第 250 防空导弹旅的第 3 炮台犯下的，该炮台就是击落第一架 F-117 的同一个 SAM 炮台。

科索沃战争是科索沃的一场武装冲突，始于 1998 年 2 月 28 日，一直持续到 1999 年 6 月 11 日。战争由战前控制科索沃的南斯拉夫联盟共和国（即塞尔维亚和黑山）和科索沃被称为科索沃解放军（KLA）的阿尔巴尼亚反叛组织。 1999 年 3 月，北大西洋公约组织 (NATO) 通过开始空袭进行干预，导致南斯拉夫军队从科索沃撤出，冲突结束了。

科军成立于 1990 年代初期，目的是打击塞尔维亚对科索沃阿尔巴尼亚人的迫害。科军于 1995 年发起了第一次运动，当时它对科索沃的塞尔维亚执法部门发动了攻击。 1996 年 6 月，该团体声称对科索沃叛乱期间针对科索沃警察局的破坏行为负责。 1997 年，该组织通过从阿尔巴尼亚走私武器获得了大量武器，随后发生了一场从该国警察和军队哨所抢劫武器的叛乱。 1998 年初，科军在科索沃针对南斯拉夫当局的袭击导致塞族准军事人员和正规部队的存在增加，他们随后开始对科军的同情者和政治反对派进行报复；这场运动杀死了 1,500 到 2,000 名平民和科军战斗人员。在外交解决方案的尝试失败后，北约进行了干预，称这场运动是一场“人道主义战争”。由于南斯拉夫军队在对南斯拉夫进行空中轰炸（1999 年 3 月至 6 月）期间继续战斗，这导致了科索沃阿尔巴尼亚人的大规模驱逐。到 2000 年，调查已经找到了近 3000 名各族裔受害者的遗体，2001 年，设在科索沃的联合国管理的最高法院发现，“有系统的恐怖活动，包括谋杀、强奸、纵火和严重虐待”，但南斯拉夫军队试图清除而不是消灭阿尔巴尼亚人口。战争以库马诺沃条约结束，南斯拉夫和塞族军队同意从科索沃撤军，为国际存在让路。此后不久，科索沃解放军解散，其一些成员继续在普雷舍沃河谷为 UÇPMB 而战，其他成员在马其顿的武装种族冲突期间加入民族解放军（NLA）和阿尔巴尼亚国民军（ANA），而其他人则继续组建科索沃警察。战后编制了一份清单，记录了在两年的冲突中超过 13,500 人丧生或失踪。南斯拉夫和塞族部队造成 120 万至 145 万科索沃阿族人流离失所。战后，大约 20 万塞尔维亚人、罗姆人和其他非阿尔巴尼亚人逃离科索沃，许多剩余的平民成为虐待的受害者。北约的轰炸行动一直存在争议。它没有获得联合国安理会的批准，并造成至少 488 名南斯拉夫平民死亡，其中包括大量科索沃难民。