奥托三世（980 年 6 月/7 月 - 1002 年 1 月 23 日）是 996 年至 1002 年早逝的神圣罗马帝国皇帝。奥托三世是奥托王朝的一员，是奥托二世皇帝和他的妻子西奥法努的独生子。

983 年，年仅 3 岁的奥托三世在他父亲在意大利南部与拜占庭帝国和西西里酋长国作战时去世后不久，加冕为德意志国王。虽然名义上是德国的统治者，但奥托三世的次要地位确保了他的各个摄政王掌握着帝国的权力。他的堂兄巴伐利亚公爵亨利二世最初声称摄政于年轻的国王，并试图在 984 年为自己夺取王位。当他的叛乱未能获得德国贵族的支持时，亨利二世被迫放弃对王位的要求并允许奥托三世的母亲西奥法努担任摄政王，直到她于 991 年去世。奥托三世当时还是个孩子，所以他的祖母意大利的阿德莱德一直担任摄政王直到 994 年。

996 年，奥托三世进军意大利，要求获得意大利国王和神圣罗马帝国皇帝的头衔，自 983 年奥托二世去世以来，这一头衔一直无人问津。奥托三世还试图重新建立对罗马城的帝国控制，这在克雷森提乌斯二世的领导下起义，并通过它获得了教皇权。奥托三世加冕为皇帝，平息了罗马的叛乱，并任命他的表弟为教皇格里高利五世，他是第一位德国血统的教皇。在皇帝赦免了他并离开了这座城市后，克雷森修斯二世再次叛乱，废黜了格里高利五世，并任命约翰十六世为教皇。奥托三世于 998 年返回这座城市，重新安置了格里高利五世，并处决了克雷森提乌斯二世和约翰十六世。当格雷戈里五世于 999 年去世时，奥托三世任命西尔维斯特二世为新教皇。奥托三世一生的所作所为进一步加强了帝国对天主教会的控制。

从他的统治开始，奥托三世就在东部边境面临着斯拉夫人的反对。在他父亲于 983 年去世后，斯拉夫人反抗帝国控制，迫使帝国放弃其在易北河以东的领土。奥托三世在其统治期间一直在为夺回帝国失地而战，但收效甚微。在东方，奥托三世加强了帝国与波兰、波希米亚和匈牙利的关系。通过他在 1000 年在东欧的事务，他能够通过支持在波兰的传教工作和通过加冕斯蒂芬一世作为匈牙利第一位基督教国王来扩大基督教的影响力。

1001 年，奥托回到罗马，遭遇罗马贵族的叛乱，迫使他逃离这座城市。在 1002 年进军收复这座城市时，奥托突然发烧并在法莱里亚的帕特诺城堡去世，年仅 21 岁。由于没有明确的继承人接替他，他的早逝使帝国陷入了政治危机。