纳粹德国对捷克斯洛伐克的军事占领始于 1938 年德国吞并苏台德地区，随后建立波希米亚和摩拉维亚保护国，并于 1944 年底扩展到捷克斯洛伐克的所有地区。

在 1938 年 3 月奥地利并入纳粹德国之后，在他于 1938 年 9 月获得《慕尼黑协定》之后，阿道夫·希特勒吞并了居住在捷克地区的德国人。苏台德地区的丧失不利于捷克斯洛伐克的防御，因为广泛的捷克斯洛伐克边境防御工事也位于同一地区。结果，1938 年 10 月 1 日开始的苏台德地区并入德国使捷克斯洛伐克的其他地区变得虚弱。此外，由于先前的领土主张（191820 年的捷克-波兰争端），边境地区的一小块东北部被称为 Zaolzie 被占领并吞并到波兰，表面上是为了“保护”当地的波兰族群社区。此外，通过第一次维也纳奖，匈牙利获得了斯洛伐克和喀尔巴阡山脉的南部领土，这些领土主要由匈牙利人居住。

随着斯洛伐克于 3 月 14 日宣布成立，第二天匈牙利占领并吞并了喀尔巴阡山脉的其余部分。 1939 年 3 月 15 日，在访问柏林期间，捷克斯洛伐克总统埃米尔·赫查（Emil Hcha）被胁迫签署了该国的独立。 1939 年 3 月 16 日，希特勒从布拉格城堡宣布波希米亚和摩拉维亚保护国，让 Hcha 成为技术国家元首，并获得国家总统头衔。然而，他几乎无能为力。真正的权力归属于担任希特勒私人代表的帝国保护委员会。 1944 年 3 月，在玛格丽特行动期间，匈牙利被德国占领，而从 1944 年 8 月结束的斯洛伐克民族起义开始，斯洛伐克也面临同样的命运。占领以二战后德国的投降而告终。在德国占领期间，有 294,000 至 320,000 名公民（包括犹太人，占伤亡人数最多）被谋杀。在莱因哈德·海德里希（Reinhard Heydrich）遇刺之后（例如臭名昭​​著且广为流传的利迪策大屠杀），报复尤其严厉。在德国，大量的人被征召为奴工。

布拉格起义（捷克语：Pražské povstání）是捷克抵抗运动在 1945 年 5 月，即二战结束时将布拉格市从德国占领下解放出来的部分成功尝试。前六年的占领加剧了反德情绪，苏联红军和美国第三军的接近提供了成功的机会。

1945 年 5 月 5 日，在欧洲战争的最后时刻，捷克公民自发地袭击了德国占领者，捷克抵抗运动的领导人从躲藏起来加入起义。一直为德国人作战的俄罗斯解放军叛逃并支持捷克人。德国军队进行了反击，但他们的进展因捷克公民建造的路障而减慢。 5 月 8 日，捷克和德国领导人签署了停火协议，允许德国军队撤出该市，但并非所有武装党卫军部队都服从。战斗一直持续到 5 月 9 日，当时红军进入了几乎解放的城市。

起义是残酷的，双方都犯下了战争罪行。德方以捷克平民为人盾，大肆屠杀。捷克斯洛伐克政府批准的针对德国平民的暴力在解放后继续存在，并被认为是对占领的报复或鼓励德国人逃离的手段。乔治·巴顿的美国第三军被德怀特·艾森豪威尔将军命令不要援助捷克叛乱分子，这破坏了西方列强在战后捷克斯洛伐克的信誉。相反，起义被视为捷克抵抗纳粹统治的象征，而捷克斯洛伐克共产党则利用红军的解放来增加民众对该党的支持。