1999 年 5 月 7 日，在北约轰炸南斯拉夫（盟军行动）期间，五枚美国联合直接攻击弹药制导炸弹袭击了中华人民共和国驻新贝尔格莱德区贝尔格莱德区的大使馆，炸死了三名中国官方媒体记者，激怒了中国。中国公众。据美国政府称，其意图是轰炸附近的南斯拉夫联邦供应和采购局（FDSP）。比尔克林顿总统为爆炸事件道歉，称这是一次意外。中央情报局（CIA）局长乔治·特内特在国会委员会作证说，这次轰炸是由他的机构组织和指挥的唯一一场轰炸，并且中央情报局在同一条街上为南斯拉夫的军事目标确定了错误的坐标。中国政府在爆炸当天发表声明，称这是“野蛮行为”。 1999年10月，爆炸发生五个月后，《伦敦观察家》与哥本哈根《政治报》联合发表了一项调查结果，援引匿名消息人士称，轰炸实际上是蓄意的，因为大使馆正被用来传输南斯拉夫军队的通讯。美国和英国政府都坚决否认这是故意的，美国国务卿马德琳奥尔布赖特称这个故事是“胡说八道”，英国外交大臣罗宾库克表示“没有一丝证据”支持它。 2000 年 4 月，《纽约时报》发表了自己的调查结果，“调查没有证据表明轰炸大使馆是蓄意的行为。”轰炸之后，大多数中国人认为这是蓄意的，许多人继续相信这是故意的；然而，在2002年进行的结构化访谈的结果中，57%的中美关系专家认为轰炸是蓄意的，87.5%的人不怀疑克林顿总统的参与。 1999年8月，美国同意赔偿爆炸案的受害者及其家人。 1999年12月，美国同意向中国赔偿使馆损失，中国同意向美国赔偿示威期间发生的美国财产损失。 2000年5月，美国通过一项重要的中美贸易法案与中国加入世界贸易组织相结合的2000年美中关系法案。到2000年6月，美国国务卿奥尔布赖特访华期间，双方均表示两国关系有所改善。

科索沃战争是科索沃的一场武装冲突，始于 1998 年 2 月 28 日，一直持续到 1999 年 6 月 11 日。战争由战前控制科索沃的南斯拉夫联盟共和国（即塞尔维亚和黑山）和科索沃被称为科索沃解放军（KLA）的阿尔巴尼亚反叛组织。 1999 年 3 月，北大西洋公约组织 (NATO) 通过开始空袭进行干预，导致南斯拉夫军队从科索沃撤出，冲突结束了。

科军成立于 1990 年代初期，目的是打击塞尔维亚对科索沃阿尔巴尼亚人的迫害。科军于 1995 年发起了第一次运动，当时它对科索沃的塞尔维亚执法部门发动了攻击。 1996 年 6 月，该团体声称对科索沃叛乱期间针对科索沃警察局的破坏行为负责。 1997 年，该组织通过从阿尔巴尼亚走私武器获得了大量武器，随后发生了一场从该国警察和军队哨所抢劫武器的叛乱。 1998 年初，科军在科索沃针对南斯拉夫当局的袭击导致塞族准军事人员和正规部队的存在增加，他们随后开始对科军的同情者和政治反对派进行报复；这场运动杀死了 1,500 到 2,000 名平民和科军战斗人员。在外交解决方案的尝试失败后，北约进行了干预，称这场运动是一场“人道主义战争”。由于南斯拉夫军队在对南斯拉夫进行空中轰炸（1999 年 3 月至 6 月）期间继续战斗，这导致了科索沃阿尔巴尼亚人的大规模驱逐。到 2000 年，调查已经找到了近 3000 名各族裔受害者的遗体，2001 年，设在科索沃的联合国管理的最高法院发现，“有系统的恐怖活动，包括谋杀、强奸、纵火和严重虐待”，但南斯拉夫军队试图清除而不是消灭阿尔巴尼亚人口。战争以库马诺沃条约结束，南斯拉夫和塞族军队同意从科索沃撤军，为国际存在让路。此后不久，科索沃解放军解散，其一些成员继续在普雷舍沃河谷为 UÇPMB 而战，其他成员在马其顿的武装种族冲突期间加入民族解放军（NLA）和阿尔巴尼亚国民军（ANA），而其他人则继续组建科索沃警察。战后编制了一份清单，记录了在两年的冲突中超过 13,500 人丧生或失踪。南斯拉夫和塞族部队造成 120 万至 145 万科索沃阿族人流离失所。战后，大约 20 万塞尔维亚人、罗姆人和其他非阿尔巴尼亚人逃离科索沃，许多剩余的平民成为虐待的受害者。北约的轰炸行动一直存在争议。它没有获得联合国安理会的批准，并造成至少 488 名南斯拉夫平民死亡，其中包括大量科索沃难民。