南斯拉夫马其顿的第二次世界大战始于 1941 年 4 月轴心国入侵南斯拉夫。在南斯拉夫游击队运动的压力下，部分马其顿共产党人于 1941 年 10 月开始了一场政治和军事运动，以抵抗对瓦尔达尔马其顿的占领。正式地，该地区当时被称为 Vardar Banovina，因为南斯拉夫王国禁止使用马其顿这个名字。它主要被保加利亚人占领，但也被德国、意大利和阿尔巴尼亚军队占领。

最初没有有组织的抵抗，因为大多数马其顿斯拉夫人都是亲保加利亚的。直到 1943 年，随着意大利的投降和苏联对纳粹德国的胜利，它才开始增长。避免组织大规模武装抵抗的保加利亚共产党人的作用也是一个关键因素。他们对马其顿党组织的影响一直占据主导地位，直到 1943 年，德国和保加利亚显然会被击败。

当时，铁托的特使斯维托扎尔·武克马诺维奇抵达了马其顿。 Vukmanović 不得不启动斗争，并给它一个新的民族马其顿外观。这导致了忠于南斯拉夫的年轻一代反保加利亚导向的党派领导人的崛起。他们于1943年组建了马其顿人民解放军和马其顿共产党。在该地区的西部，阿尔巴尼亚游击队也参加了抵抗运动。

在保加利亚于 1944 年 9 月在战争中改变立场后，保加利亚第 5 次。驻扎在马其顿的军队，迁回保加利亚的旧边界。 10月初，新组建的保加利亚人民军与红军一起重新进入被占领的南斯拉夫，以阻止德军撤出希腊。南斯拉夫的马其顿于 11 月底在共产主义南斯拉夫成立时获得解放。在保加利亚攻势迫使德国撤退后，军队中马其顿人的征兵人数显着增加。

该行动被南斯拉夫马克思主义史学称为马其顿民族解放战争（马其顿语：Народноослободителна борба на Македонија, Narodnoosloboditelna borba na Makedonija），与大南斯拉夫人民解放战争一致。一些战斗人员还产生了马其顿地区独立的愿望，但在战争结束时被共产党当局镇压。它标志着保加利亚民族主义的失败和亲南斯拉夫的马其顿主义在该地区的胜利。结果，新的共产党当局以“大保加利亚沙文主义”的罪名迫害了前合作者，粉碎了所有反对南斯拉夫思想、坚持马其顿独立的组织。